Eduardo Souto de Moura si laurea in Architettura alla FAUP nel 1980.
Ha insegnato nelle scuole di architettura di Oporto, Ginevra, Parigi, Cambridge, Dublino, Zurigo, Losanna e Mendrisio.
Nel 2011 ha ricevuto un dottorato Honoris Causa dalla Facoltà di Architettura e Arti dell'Università Lusìada di Porto.
Dal 2014 è Professore Ordinario del Politecnico di Milano presso il Polo di Mantova.
Tra il 1974 e il 1979 lavora con Alvaro Siza con cui ha recentemente progettato la stazione della metropolitana di Napoli in Piazza Municipio.
Nel 1980 apre il suo studio a Porto, dove ha progettato più di 60 edifici in Portogallo, Spagna, Italia, Germania, Gran Bretagna e Svizzera, per cui ha ricevuto nel 2011 il Pritzker Prize.
Oltre a numerose residenze private il suo lavoro comprende: la Casa das Artes (Porto, 1991); il Padiglione Portoghese all'Expo 2000 di Hannover; il restauro del Convento di Santa Maria do Bouro a Amares (1989-1997); lo Stadio Municipale di Braga (2000-2004); il Centro d'Arte Contemporanea a Bragança (2002-2008); la Casa das Historias Paula Rego a Cascais (2005-2009); la Torre Burgo a Porto (2007); il Crematorio di Kortijk (2005-2012); il Convento delle Bernarde di Tavira (2012).